Eieren kunnen besmet zijn met de salmonella-bacterie, maar dit komt slechts incidenteel voor.
Eieren kunnen zowel binnen als buiten de schaal de Salmonella bacterie meedragen.
Binnen de schaal bevindt de Salmonella bacterie zich vooral in het eigeel.
Het gaat dan meestal om een specifieke stam Salmonella enteritidis, die in staat is om te overleven in de eierstokken (ovaria) of eileiders (oviducten) van de kip en zich in het eigeel kan vestigen voordat het ei wordt gevormd.
Aan de buitenzijde kunnen eieren besmet zijn met Salmonella doordat eieren het lichaam van de kip verlaten via dezelfde weg als de ontlasting.
Hierdoor kunnen allerlei bacteriën, waaronder mogelijk ook Salmonella stammen, op de buitenzijde van de eierschaal terechtkomen.
Deze worden deels weer verwijderd tijdens het schoonmaken van de eieren in de fabriek, maar desondanks kunnen er nog steeds bacteriën aanwezig zijn.
Ondanks dat procentueel maar weinig eieren met Salmonella besmet zijn, is er een relatief groot risico op besmetting bij eiermengsels, zoals bavarois en tiramisu.
Hierbij is slechts één besmet ei al genoeg om het gehele mengsel te besmetten.
Eiermengsels zoals bavarois worden niet verhit en blijven vaak nog enige tijd staan voor opdiening, waardoor de bacterie zich kan vermenigvuldigen en besmetting een groot risico is.
Eieren die al geruime tijd gebarsten zijn,hebben eveneens een relatief groot risico op Salmonella besmetting, omdat eventueel op de schaal aanwezige bacteriën naar binnen kunnen en zich in het ei kunnen vermenigvuldigen.
Verder wordt aangeraden om bij het bakken van het ei het eigeel (de dooier) mee te bakken. Als het eigeel niet voldoende is gebakken is de kans dat daar de Salmonella bacterie in overleeft erg groot.